西元2199年來自太陽系外的敵人加米拉斯帝國為了挽救母星的危亡開始侵略其他星球地球軍在與加米拉斯帝國軍的交戰中慘敗同時加米拉斯帝國軍向地球發射大量含有放射能的游星炸彈地球的抵抗力量越來越弱本與加米拉斯為雙子星球的伊斯坎達爾星球仗義相助向地球發送了波動引擎和波動炮的設計圖紙并告知地球軍本星球擁有清除放射能的設備“宇宙清洗器D”在與歐洲、美洲失去聯系的情況下地球防衛軍利用伊斯坎達爾星球提供的技術將沉睡于海底的大和號改造為宇宙戰艦大和號全體乘員踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程